1、天然祖母绿大多会有瑕疵及裂纹，这点和红宝石有些相似，其瑕疵多呈“棉絮”状，有时还可见一些黑色的矿物包裹体等杂质；而合成品则大多干净，或有少量气泡。 2、祖母绿可见二色性，从不同方向观察，宝石呈翠绿色－蓝绿色或黄绿色，而玻璃和YAG均只有一种颜色。 天然祖母绿与合成祖母绿的区别则大多数需要在实验室内进行，它们的一般区别主要有： 1、天然祖母绿的折光率一般在1.57－1.59之间，而合成祖母绿往往折光率较低，一般小于1.57，但有例外的情况。 2、天然祖母绿的比重较大，一般大于2.7，而熔融法合成的祖母绿，比重只有2.65－2.66左右。但要注意的是，水热合成的祖母绿也有比重较高的。 3、天然祖母绿大多会有瑕疵及三相包裹体，针状、柱状、粒状的结晶矿物包裹体等合成的祖母绿则往往比较干净，水热法合成的祖母绿包裹体，呈“窗纱状”，熔融法合成的祖母绿的包裹体呈面包屑状。天然与合成祖母绿的包裹体特征不同。 4、天然祖母绿在紫外线下反应比较迟钝，或呈暗红色，而合成祖母绿则往往发强红色荧光。做此项测试时一般应与标准样进行对照。